Die Diagnose einer Prostatitis erfolgt mithilfe einer ganzen Reihe von Maßnahmen und Untersuchungsmethoden.
Zunächst ist zur Diagnose einer Prostatitis eine umfassende Erhebung der Anamnese notwendig. In der Regel wird der Arzt außerdem eine rektale Abtastung der Prostata durchführen. Zur Entzündungs- und Erregerlokalisation wird bei Verdacht auf eine Prostatitis häufig eine sogenannte 4-Gläser-Probe durchgeführt. Da diese jedoch sehr aufwendig ist, wird in der Praxis mitunter auf die vergleichende Untersuchung von Urin vor und nach einer Prostatamassage zurückgegriffen, die sich als ähnlich zuverlässig erwiesen hat. Auch eine Laboruntersuchung des Ejakulats zur Entzündungsbestimmung ist bei einer vermuteten Prostatitis häufiger Bestandteil der Diagnosestellung.
Weitere mögliche Untersuchungsmethoden um eine Prostatitis zu diagnostizieren, sind Ultraschall und die sogenannte Uroflowmetrie. Dazu können neurologische Untersuchungen kommen.